اختير بأغلبية أصوات المسلمين ليكون الخليفة، في الاستفتاء الذي أجراه عبد الرحمن بن عوف ، فثبتت أفضليته.
جاء في زوائد الهيثمي، عن المسور بن مخرمة قال :
«لما كانت الليلة التي في صبيحتها يفرغ النفر الذين استخلفهم عمر بن الخطاب عليه السلام من الخلافة، صليت العشاء ثم انصرفت إلى ستر لي، فنمت عليه، فأيقظني من النوم صوت خالي عبد الرحمن بن عوف رحمة الله عليه:
أيا مسور! قال: فخرجت مشتملا بثوبي، فقال: أنمت؟ قلت: نعم قد نمت،
قال: خذ عليك ثوبك ثم الحقني الى المسجد، ففعلت .....
قال: وأذن المؤذن بالصبح، قال: فتفرقوا للوضوء وقد علم الناس أنها صبيحة الخلافة، فاجتمعوا للصبح كما يجتمعون للجمعة،
فأمر عبد الرحمن النفر (أي رجال الشورى الذين عينهم عمر ) أن يجلسوا بين يدي المنبر،
فلما أبصر الناس بعضهم بعضاً، وطلعت الشمس، قام عبد الرحمن إلى جنب المنبر، فحمد الله وأثنى عليه بما هو أهله، ثم قال:
يا أيها الناس! قد علمتم الذي كان من وفاة أمير المؤمنين، واستخلافه إيانا أيها النفر، ورضي أصحابي أن إلي ذلك لهم، فأختار رجلاً منهم، وهؤلاء بين أيديكم.
ثم استقبلهم رجلاً رجلاً، ثم قال:
أي فلان، عليك عهد الله وميثاقه لتسمعن ولتطيعن لمن وليت، ولترضين ولتسلمن؟
فيقول: نعم. رافع صوته يسمع الناس، حتى فرغ منهم رجلاً رجلاً من عثمان وعلي والزبير وسعد،
قال: أما طلحة فأنا حميل برضاه، ثم قال:
"إني لم أزل دائبا منذ ثلاث أسألكم عن هؤلاء النفر، ثم سألتهم عن أنفسهم، فوجدتكم أيها الناس وإياهم اجتمعتم على عثمان، قم يا عثمان".
فلم يقل رجل من المهاجرين والأنصار ولا وفود العرب ولا صالحي التابعين: إنك لم تستشرنا ولم تستأمرنا، فرضوا وسلموا، فلبثوا ست سنين لا يعيبون شيئاً.
قال: كان طائفة منهم يفضلونه على عمر يقول: العدل مثل عمر، واللين ألين من عمر».
وفي المصدر السابق ما يبين أن كل وأحد من أهل الشورى كان يقر بأفضلية عثمان ، فقد جاء فيه عن أسامة بن زيد عن رجل منهم : «أنه كان كلما دعا رجلا ًمنهم تلك الليلة، ذكر مناقبهم قال: "إنك لها لأهل، فإن أخطأتك فمن؟" قال: فيقول: "إن أخطأتني فعثمان".»